Der portugiesische Nationalspieler erzielte in der verheerenden ersten Halbzeit zwei Tore, darunter ein großartiger Treffer für seinen Auftakt.
Der 26-Jährige schickte nach nur neun Minuten eine perfekte halbe Salve ins Netz und beendete das Spiel mit einem einfachen Finish, um seine Bilanz innerhalb von 20 Minuten zu verdoppeln.
Die Nacht hätte jedoch noch besser für Fernandes sein können, der die goldene Gelegenheit erhielt, seinen Hattrick zu vervollständigen, nachdem der Schiedsrichter den türkischen Gastgebern einen Elfmeter zugesprochen hatte.
Der übliche Elfmeter von United, der am Samstag einen Elfmeter erzielte, schien bereit zu sein, den Elfmeter zu erzielen, entschied sich jedoch dafür, den Ball stattdessen an Marcus Rashford weiterzugeben.
Der englische Nationalspieler musste sich mit 3: 0 durchsetzen und ging direkt nach Fernandes, um zu feiern.
"Nach dem letzten Spiel in der Premier League sagte ich (Rashford), er könne den nächsten Elfmeter einstecken, deshalb habe ich mich daran erinnert", sagte Fernandes nach dem Spiel gegenüber BT Sport.
"Außerdem ist er einer der Topscorer in der Champions League. Es ist wichtig, dass er dort weitermacht und dieses Selbstvertrauen gewinnt. Es spielt keine Rolle, wer nimmt. Wenn die Mannschaft ein Tor erzielt, treffe ich auch."
Fernandes hat Manchester United seit seinem Wechsel zu Beginn des Jahres stark beeinflusst, aber nur wenige Momente waren so beeindruckend wie das erste Tor.
Er fing den Schuss perfekt ab, nachdem der Ball aus einer Ecke geklärt worden war, und bohrte ihn an Torhüter Mert Gunok von außerhalb des Bereichs vorbei.
"Es war ein wirklich gutes Ziel. Ich sage immer, wir müssen für solche Situationen über den Tellerrand hinaus bereit sein oder manchmal den Konter stoppen", fügte er hinzu.
"Dieses Mal sollte geschossen werden – vielleicht muss ich das nächste Mal ein Foul begehen und eine gelbe Karte nehmen."
Sein zweiter war etwas glücklicher, nachdem Gunok eine Flanke zu Füßen des Mittelfeldspielers verschüttet hatte, der die einfache Aufgabe hatte, sie anzuzapfen.
Laut dem Sportanalyseunternehmen Opta war Fernandes seit seinem Wechsel zu Old Trafford an 34 Toren in seinen 35 Einsätzen beteiligt – 21 Toren und 13 Vorlagen.
Sein Einfluss wurde unterstrichen, nachdem er in der zweiten Halbzeit nach dem Gewinn des Spiels abgehoben worden war.
United, das mit Fernandes auf dem Platz so beeindruckend war, hatte in der zweiten Phase wenig Ideen, als Basaksehir wieder ins Spiel durfte.
Der eingewechselte Daniel James aus der zweiten Halbzeit brachte das Spiel in der Nachspielzeit endgültig ins Bett, nachdem Deniz Turuc einen Freistoß erzielt hatte, um den Besuchern ein Gefühl der Hoffnung zu geben.
United benötigt nur einen Punkt für die nächsten beiden Gruppenspiele, um sich für die Ko-Runde zu qualifizieren, und trifft als nächstes auf den geschlagenen Finalisten des letzten Jahres, Paris Saint-Germain.
Juventus qualifizierte sich nach einem späten Drama gegen Ferencvaros für das Achtelfinale der Champions League.
Die Besucher hatten in der ersten Halbzeit eine überraschende Führung durch Myrto Uzuni übernommen, der die ikonische Feier von Cristiano Ronaldo frech nutzte.
Ein solcher Stunt schlug kurz darauf fehl, als Ronaldo die Ergebnisse mit einem Weitschuss erzielte.
Die Gastgeber dominierten die zweite Halbzeit und fanden schließlich den Sieger, als Alvaro Morata einen Kopfball in der Nachspielzeit erzielte.
Nach einem komfortablen 4: 0-Sieg gegen Dynamo Kyiv sicherte sich Barcelona einen sicheren Einzug in die Ko-Runde.
Ein Doppelpack von Martin Braithwaite wurde durch Tore von US-Star Sergino Dest und Antoine Griezmann erzielt.
Barcelona war ohne Star Lionel Messi, nachdem Manager Ronald Koeman beschlossen hatte, einige Stammspieler der ersten Mannschaft auszuruhen.