Ghidorahs zwei Schädel herein Godzilla vs. Kong ein … kreieren Godzilla: König der Monster Plot Loch. Ein Detail, das vielen Zuschauern vielleicht nicht aufgefallen ist, ist, dass die Schurken des Films tatsächlich keinen hatten, aber zwei der Köpfe von Monster Zero. Das Problem ist, dass dies im Kanon des MonsterVerses nicht viel Sinn macht. Während ihrer zweiten Schlacht in König der MonsterGodzilla biss Ghidorahs linken Kopf ab.
Unmittelbar nach dem Kampf nutzte Ghidorah seine regenerativen Fähigkeiten, um es zu ersetzen. Der Kopf tauchte in der Post-Credits-Szene des Films wieder auf, wo er von Jonah (Charles Dance) für einen unbekannten Zweck gekauft wurde. Es kam wieder ins Spiel in Godzilla vs. Kong als die Charaktere erfuhren, dass es verwendet wurde, um Mechagodzilla online zu bringen. Laut Bernie (Brian Tyree Henry) muss APEX zwei Schädel gehabt haben und die telepathischen Kommunikationskräfte der Köpfe genutzt haben, um Mechagodzilla zu kontrollieren. Bernie vermutete, dass sie den psionischen Uplink von Ren Serizawa benutzten, um sich mit einem zweiten Schädel zu verbinden, der sich im Körper des mechanisierten Titans befand.
Der zweite Schädel, der in erwähnt wird Godzilla vs. Kong wurde nie gezeigt, aber die Novellierung des Films bestätigte, dass Bernies Theorie richtig war. Ein Kapitel in dem Buch enthüllte, dass Walter Simmons (Demián Bichir) zwischen den Ereignissen der beiden Filme beide von Jonah kaufte. Wie Jona zu einem kam, bedarf keiner Erklärung dank König der Monster Post-Credits-Szene, aber wie er an die zweite kam, ist ein Rätsel, auf das es keine klare Antwort gibt. Tatsächlich scheint die bloße Existenz des Schädels ein Handlungsloch zu sein. Inklusive des einen, den Godzilla abgebissen hat, hatte Ghidorah im Laufe der Geschichte insgesamt vier Köpfe. Zwei wurden durch seinen nuklearen Puls ausgelöscht, als er sich in seiner brennenden Form befand, und ein drittes wurde durch seinen atomaren Atem ausgeweidet, als er in seinem Mund war.
Von den drei zerstörten Köpfen war nichts mehr zu retten, aber APEX hatte unerklärlicherweise einen in ihrem Besitz, und weder der Film noch die Novellierung versuchten, dieses Geheimnis zu verstehen. Es ist wahr, dass Ghidorah regenerative Fähigkeiten besitzt, was einige dazu veranlassen könnte, sich zu fragen, ob Jonah seine DNA verwendet hat, um eine zweite genetisch zu verändern. Das Problem mit dieser Theorie ist jedoch, dass, wenn der unternehmungslustige Bösewicht Jonah die Wissenschaftler und die Ressourcen zur Verfügung hatte, um so etwas zu tun, er in der Lage gewesen wäre, alle drei Köpfe zu übergeben. In dem Buch war Simmons enttäuscht, dass zwei alles waren, was Jonah in die Finger bekommen konnte. Alles in allem ist es wahrscheinlich, dass Jonah Simmons die Köpfe gegeben hat, weil er wirklich nichts damit anfangen konnte.
Wenn Jonah nicht irgendwie einen verlorenen Ghidorah-Kopf von vor Tausenden von Jahren entdeckt hat (was sich auch ziemlich unwahrscheinlich anfühlt), scheint es keine logische Antwort zu geben, die den zweiten Schädel sinnvoll macht. Da es nie gezeigt wurde und vom Publikum weitgehend übersehen wurde, kann es nicht als Hauptthema für die Geschichte angesehen werden. Aber es hatte viel damit zu tun, wie Mechagodzilla im MonsterVerse funktioniert, also wäre es vorzuziehen gewesen für Godzilla vs. Kong einen Weg gefunden zu haben, es zu erklären.