ACHTUNG: Spoiler für Düne und Düne 2 unter.
Denis Villeneuves Düne erzählt nur die Hälfte der Geschichte von Frank Herberts Originalroman und lässt einen Großteil der Geschichte für eine mögliche Fortsetzung übrig – hier ist, was im Rest des Romans passiert und was wahrscheinlich die Handlung sein wird Düne 2. Der Roman folgt Paul Atreides (im Film gespielt von Timothée Chalamet), dem Sohn von Duke Leto (Oscar Isaac) und Lady Jessica (Rebecca Ferguson). Als ihr Status als Adelshaus den Imperator der feudalen Galaxie bedroht, wird den Atreides die Verwaltung über den Planeten Arrakis übertragen.
Obwohl Duke Leto und seine Familie wissen, dass dieses Setup eine Falle ist, reisen sie nach Arakkis und werden sofort in die komplizierte Geopolitik dieses neuen Planeten verwickelt. Haus Harkonnen, die Todfeinde des Hauses Atreides und die ehemaligen Verwalter von Arrakis, hinterließen nach ihrer brutalen Beziehung zu den Fremen, den Ureinwohnern der Arrakis, einen Großteil des Planeten in Unordnung. Den Atreides ist jedoch nicht bekannt, dass der Kaiser, Shadam IV., eng mit den Harkonnens zusammenarbeitet, um das zu zerstören, was er als seine größte Herausforderung für seine Herrschaft ansieht.
Schließlich greifen die Harkonnens mit Hilfe der kaiserlichen Elitearmee von Sardaukar die Atreides an und ermorden die meisten Mitglieder des Hauses, einschließlich ihrer gesamten Armee und vieler Schlüsselfiguren. Duke Leto schafft es nicht lebend heraus, aber Paul und Lady Jessica fliehen beide in die unwirtliche Wüste, wo sie auf eine Gruppe von Fremen treffen, die von Javier Bardems Stilgar und Zendayas Chani angeführt werden. Der Film endet mit Pauls Duell mit einem anderen Fremen, Jamis, den er zuvor in seinen prophetischen Träumen gesehen hatte. Hier ist, was als nächstes passiert.
Im Roman findet Pauls Duell mit Jamis tatsächlich in der Fremen-Hochburg Sietch Tabr statt, dem Ort, an dem Stilgar und Chani Paul und Jessica am Ende des Jahres anführen Düne. Villeneuve verschiebt den Moment mit Bedacht nach oben und beschließt Düneendet mit dem Kampf. Ein Großteil der ersten Interaktion von Paul und Jessica mit Stilgar und Chani findet im Film wie in den Büchern statt, mit leichten Variationen.
Bei Sietsch Tabr kommt Paul jedoch richtig zur Geltung. Sein Kampf mit Jamis führt dazu, dass Stilgar ihn Usul nennt (was die Basis einer Säule bedeutet) und er wählt auch den Namen Muad’Dib für sich. Während Paul in seine Rolle im Sietch hineinwächst, entwickelt er auch stärkere Fähigkeiten. Die Wüste von Arrakis und die Fremen selbst verbrauchen mehr von der Gewürzmischung direkt und dies dient nur dazu, Paul Atreides’ Voraussichtskraft zu erhöhen. Der junge Atreides ist in der Lage, in die Vergangenheit und Zukunft zu sehen und sich jederzeit über alles, was im Universum passiert, bewusst zu sein.
Dennoch ist er mit seinen Fähigkeiten nicht ganz zufrieden. Schließlich ist er überzeugt, dass er das Wasser des Lebens trinken muss, das Gift aus dem Körper eines Sandwurms, dem nur Frauen widerstehen konnten. Paulus trinkt trotzdem das Wasser des Lebens und seine Kräfte werden voll ausgebildet, was ihn auf den Weg bringt, sein Schicksal zu erfüllen.
Auch Lady Jessica findet sich in einer interessanten Lage wieder, als sie zum Sietch kommt. Als Bene Gesserit, eine der vielen Gilden in Düne, ist sie in der Lage, den Fremen ihr Fachwissen im Kampfstil, bekannt als der seltsame Weg, beizubringen. Trotzdem ist Stilgar immer noch besorgt um ihre Position innerhalb der Sietsch und überzeugt sie davon, die Rolle der Ehrwürdigen Mutter zu übernehmen. Dazu muss sie das Wasser des Lebens trinken.
Jessica weiß jedoch nicht, dass sie mit der ungeborenen Tochter von Duke Leto schwanger ist. Während das Trinken des Wassers des Lebens Jessica die ganze Weisheit einer Ehrwürdigen Mutter verleiht, tut es das gleiche mit ihrer Tochter, was Alia über ihre Jahre hinaus weise macht, wenn sie endlich geboren wird. Jessicas Position als Ehrwürdige Mutter festigt auch Pauls eigene Position als Messias der Fremen und setzt die Ereignisse der Zukunft in Gang.
Während ihre Beziehung ziemlich kalt beginnt, werden sich Paul und Chani schließlich sehr zu Jessicas Leidwesen nahe. Ihre Beziehung, die über die zwei Jahre blüht, die Paul und Jessica im Roman in Seitch Tabr leben, führt zur Geburt ihres Sohnes, den sie nach Pauls Vater benennen und ihm den Namen Leto II geben.
Leider ist Leto II nicht lange auf dieser Welt. In einer Eskalation der Spannungen zwischen Paul, den Fremen, den Harkonnens und dem Kaiser selbst werden die Sardaukar-Truppen des Kaisers entsandt, um die Sietch anzugreifen. Da er weiß, dass Paul Muad’Dib ist, hofft der Kaiser, die aufsteigende Macht der Fremen zu unterdrücken. Während es dem Kaiser nicht gelingt, Paul zu erreichen, wird Leto II dabei getötet und Alia von den Sardaukar-Streitkräften gefangen genommen.
Es wird schließlich enthüllt, dass Josh Brolins Gurney Halleck im Film den Angriff der Harkonnen auf die Atreides überlebte, ein Schmuggler wurde und sich bei den Arrakis-Eingeborenen verschanzte. Während eines Überfalls der Fremen auf eine Gewürzerntemaschine erfahren Paul und Jessica, dass Gurney am Leben ist, aber das Wiedersehen ist nicht nur süß. Gurney glaubt, dass Jessica die Atreides verraten hat und versucht sie zu töten. Paul stoppt ihn schließlich, aber dieser Fall führt ihn dazu, das Wasser des Lebens zu trinken, als er erkennt, dass seine Vorahnung Gurneys Wiederauftauchen nicht vorhergesehen hat.
Um sich an denen zu rächen, die seine Familie zerstört haben, hilft Paul den Fremen, den Gewürzabbau auf Arrakis zu stoppen. Das Ziel ist zweifach: Dies wird nicht nur die Infrastruktur der Harkonnens und ihren begehrtesten Export lahmlegen, sondern veranlasst die Fremen auch, Paul als Anführer zu sehen. Diese Führung ist genau das, was sie glauben lässt, dass Paulus ihr Messias ist, was zu einem unaufhaltsamen, galaxisweiten Kreuzzug führt, der zu ziemlich viel Blutvergießen führen wird.
Nach den Angriffen auf die Gewürzsammler der Harkonnens und dem zunehmenden Geflüster einer messianischen Figur namens Muad’Dib reist der Kaiser selbst nach Arrakis. Zu diesem Zeitpunkt leitet Paulus seinen letzten Angriff ein. Mit Atomwaffen zerstört er den Schildwall, der die Hauptstadt Arrakis, Arrakeen, schützt, und reitet zusammen mit zahlreichen Fremen die in Dune heimischen Sandwürmer in die Stadt. Sie überwältigen den Kaiser und die Streitkräfte der Harkonnens und können den Planeten zurückerobern. Gleichzeitig gelingt es Alia, der Gefangenschaft zu entkommen und Baron Vladimir Harkonnen zu töten. Dabei findet sie jedoch heraus, dass der Baron ihr und Pauls Großvater und Lady Jessicas richtiger Vater ist.
Nachdem Paul die Streitkräfte der Harkonnens besiegt hat und der Baron jetzt tot ist, muss er sich immer noch mit dem Neffen des Barons, Feyd-Rautha, und dem Kaiser selbst auseinandersetzen. Feyd fordert Paul zu einem Duell auf Leben und Tod heraus und da er nicht sehen kann, ob er erfolgreich sein wird, stimmt Paul zu. Trotz einiger Tricks von Feyd in Form eines vergifteten Messers triumphiert Paul und tötet seinen Gegner.
Nachdem die Harkonnens nun entsandt wurden und Paul, der Herrscher von Arrakis, hat er die Kontrolle über die begehrteste Ressource des Universums, die Gewürzmischung. Dies zwingt den Kaiser zur Hand und er schickt alle seine Truppen nach Hause, damit Paulus das Gewürz nicht vernichtet. Der Kaiser verzichtet dann auf den Thron und ernennt Paulus zum Herrscher des bekannten Universums. Um seine Sicherheit zu gewährleisten, heiratet Paul die älteste Tochter des Kaisers, Prinzessin Irulan, während Chani immer noch seine Geliebte, Gefährtin und Mutter seiner Erben bleibt. Düne 2 wird wahrscheinlich damit enden, dass Paul das bekannte Universum beaufsichtigt, während er den kommenden Kreuzzug durch seine Unterstützer neckt, etwas, das seine Handlungen im Roman und in der Düne Film in Gang gesetzt haben und etwas, das er nicht aufhalten kann.