Fischer entdeckten das Boot am Sonntag vor der Küste von Bireuen, einem Bezirk auf der westlichen Insel Sumatra, mit rund 120 Männern, Frauen und Kindern, die aus Myanmar flohen.
“Die Rohingya sind keine indonesischen Staatsbürger, wir können sie nicht einmal als Flüchtlinge aufnehmen. Das entspricht der Regierungspolitik”, sagte Dian Suryansyah, ein lokaler Marineoffizier.
Die Behörden würden dem havarierten Schiff humanitäre Hilfe leisten, einschließlich Nahrung, Medizin und Wasser, bevor sie es abweisen, fügte er hinzu.
Indonesien ist kein Unterzeichner der UN-Flüchtlingskonvention von 1951 und wird überwiegend als Transitland für Asylsuchende in Drittstaaten angesehen.
Das Hochkommissariat der Vereinten Nationen für Flüchtlinge (UNHCR) sagte am Dienstag in einer Erklärung, das Boot habe einen Motorschaden erlitten und solle landen dürfen.
„UNHCR ist besorgt um die Sicherheit und das Leben der Flüchtlinge an Bord“, heißt es in der Erklärung.
Badruddin Yunus, ein Anführer der örtlichen Fischergemeinde, sagte, die Flüchtlinge seien 28 Tage auf See gewesen und einige von ihnen seien erkrankt und einer sei gestorben.
Hunderte haben Indonesien in den letzten Jahren erreicht, nach Monaten auf See.