Auf die Frage, wie sauber er die Spiele für richtig hält, sagte der 23-fache Olympiasieger Don Riddell von CNN Sport unverblümt: "Vier oder fünf" von zehn.
"Ich kann ehrlich sagen, dass ich während meiner gesamten Karriere nicht weiß, ob ich jemals auf einem sauberen Feld angetreten bin", fügte Phelps hinzu.
"Wenn das der Fall ist, dann glaube ich nicht, dass sich etwas geändert hat.
"Ich denke, es gibt viele Probleme da draußen und die Tatsache, dass wir nicht auf dem gleichen Spielfeld sind, ist wirklich beunruhigend."
In diesem Jahr jährten sich die Olympischen Spiele 2012 in London zum achtjährigen Jubiläum, bei denen Phelps vier Goldmedaillen gewann.
Diese Spiele wurden laut Olympedia als die schmutzigsten Olympischen Spiele der Geschichte bezeichnet. Mehr als 130 Athleten wurden wegen Dopingvergehen verboten oder disqualifiziert.
Phelps, der sich während seiner gesamten Karriere für Drogenbetrug ausgesprochen hatte, sagte, er könne "garantieren", dass kein Athlet so oft getestet wurde wie auf olympischem Niveau, und besteht darauf, dass jeder auf dem gleichen hohen Niveau gehalten werden sollte.
"Wenn wir alle so getestet werden, großartig, aber ich weiß, dass wir es nicht sind", fügte der 35-Jährige hinzu. "Bis wir es sind, bis wir alle auf dem gleichen Level sind, wird sich nichts ändern."
Das Internationale Olympische Komitee (IOC), das die Drogentests bei den Spielen überwacht, hat behauptet, dass der Kampf für sauberen Sport zu seinen obersten Prioritäten gehört.
CNN wandte sich an die Welt-Anti-Doping-Agentur, die sie an das IOC verwies. Das IOC war nicht sofort für eine Antwort auf die Bemerkungen von Phelps verfügbar.
Benannt nach dem Whistleblower Dr. Grigory Rodchenkov, der zur Aufdeckung des russischen Dopingskandals beigetragen hat, wurde das Gesetz im November ohne Widerspruch durch den Senat verabschiedet.
"Doping wird bei den Olympischen Spielen ein enormes Problem bleiben, bis Dopers und ihre Ermöglicher vor der Gefängnisstrafe stehen, weil sie andere Athleten betrogen haben", sagte Jim Walden, Autor des Rodchenkov Anti-Doping Act und Anwalt von Rodchenkov, am Freitag gegenüber CNN Sport.
"Das Rodchenkov Anti-Doping-Gesetz, das gerade am 4. Dezember 2020 in den USA in das Gesetz aufgenommen wurde, ist der notwendige erste Schritt. Jetzt muss das Justizministerium ein ehrgeiziges Programm erstellen, um es umzusetzen und ihm Zähne zu geben. Wenn das DOJ dies tut Ich denke, wir werden schnell eine sauberere Olympiade haben. "
"Es ist schön, Veränderungen zu sehen"
Während Phelps auf eine sauberere Olympiade hofft, glaubt er auch, dass die Tokyo Games eine Chance für Athleten sein werden, für das einzustehen, woran sie glauben.
Das IOC konsultiert derzeit die Athletenkommission der Organisation, bevor es entscheidet, ob es seine Haltung gegen Proteste lockern soll.
Die Konsultation fand nach dem Aufkommen von Sportstars statt, die sich gegen Rassismus aussprachen, zumal die Black Lives Matter-Bewegung nach dem Tod von George Floyd an Dynamik gewann.
Zum Beispiel begannen englische Premier League-Teams, sich vor jedem Spiel gegen systemischen Rassismus zu knien, und NBA-Teams veranstalteten während der Playoffs einen Streik, um gegen die Brutalität der Polizei nach der Erschießung von Jacob Blake zu protestieren.
Das Olympische und Paralympische Komitee der Vereinigten Staaten (USOPC) gab kürzlich bekannt, dass sie Athleten des Team USA nicht für friedliche Proteste während der Spiele sanktionieren werden.
"Ich habe das Gefühl, eine Plattform zu haben, auf der ich stehen und über die Dinge sprechen kann, die mir wichtig sind", sagte Phelps.
"Ich habe auch das Gefühl, dass jeder diese Gelegenheit hat. Wir alle haben die Möglichkeit, zu stehen und unsere Werte zu schreien.
"Es ist gut, das zu sehen, es ist gut, Veränderungen zu sehen, und ich denke, wir müssen komfortable und unangenehme Zeiten durchmachen, um die Veränderungen zu sehen, die wir auf lange Sicht wollen.
"Dieses Jahr war beängstigend. Es war beängstigend. Es war überwältigend. Aber ich habe das Gefühl, dass wir in diesem Jahr viel über alles gelernt haben und hoffentlich in der Lage sind, dies zu bedeutenden Veränderungen zu katapultieren und nicht nur in die USA aber weltweit. "
Phelps sagt, er wäre nicht überrascht, wenn Athleten auf dem Podium protestieren würden, hofft aber nur, dass sie dies respektvoll tun.
"Der größte Teil besteht darin, auf dem Medaillenpodest zu stehen und Ihrer Nationalhymne zuzuhören, die mit einer Medaille um den Hals spielt. Es gibt nichts Größeres, was ich in Sportarten sagen kann, die ich jemals erlebt habe", sagte er.
"Wenn also jemand da draußen ist und das tut, sage ich nur, sei respektvoll, denn ich bin ein stolzer Amerikaner, und darauf zu stehen und mein Land zu repräsentieren, war eine enorme Ehre . "
"Ich sehe nur nicht, wie es passieren kann"
Er sagte, er mache sich auch Sorgen um die Athleten, die sich auf die Spiele im Jahr 2020 vorbereitet hätten, nur um zu erfahren, dass sie ein weiteres Jahr warten müssten.
Die Organisatoren sind zuversichtlich, dass die verschobenen Spiele im nächsten Jahr stattfinden werden, aber Phelps ist sich nicht sicher, wie logistisch es ist, in solch unsicheren Zeiten eine so große Veranstaltung auszurichten.
"Die Tatsache, dass Sie mehr als zehntausend Athleten, alle Freiwilligen und alle Trainer einsetzen werden, macht für mich keinen Sinn. Ich sehe nur nicht, wie das passieren kann", sagte er.
"Aber Daumen drücken, dass alles mit Impfstoffen und alles reibungslos läuft. Aber ich meine, ich weiß nicht, es gibt einfach zu viel Unbekanntes."
Phelps sprach mit CNN durch seine Beteiligung am Colgate Optimism Project.