Der 33-Jährige wurde auf dem Platz behandelt, nachdem er sich kurz vor der Pause an der Brust gehalten hatte, und wurde anschließend in der Pause ausgewechselt.
Sanitäter kümmerten sich um Aguero, als er auf dem Rücken lag, aber der Spieler konnte selbst das Spielfeld verlassen.
“Mir wurde gesagt, dass ihm ein bisschen schwindelig wird. Ich habe gerade erfahren, dass er ins Krankenhaus gebracht wurde und ich kann nicht mehr viel sagen, bis ich es weiß”, sagte Barcelonas Hausmeister Sergi Barjuan nach dem Spiel.
Agüeros ehemaliger Verein Manchester City wünschte dem Stürmer auf Twitter alles Gute.
“Jeder bei Manchester City wünscht Ihnen eine schnelle Genesung”, hieß es. “Wir sind bei dir.”
Agüero machte seinen ersten Start im Camp Nou seit seinem Sommerwechsel vom Premier League-Klub.
Der Stürmer hat sich von einer Verletzung erholt, während Barcelona einen schlechten Start in die Saison hingelegt hat.
Ronald Koeman wurde letzte Woche aufgrund der schlechten Form des Teams als Trainer entlassen. Der Verein liegt derzeit auf dem neunten Platz in La Liga.