Die Vögel, die erst ein paar Tage alt waren, waren laut einer am Mittwoch veröffentlichten Pressemitteilung der spanischen Nationalpolizei drei Tage lang ohne Futter oder Wasser in Pappkartons draußen gelassen worden.
Insgesamt gab es 26.000 Küken, von denen 6.000 gestorben waren, als die Beamten eintrafen. Die noch Lebenden litten unter Unterkühlung und versuchten zu überleben, indem sie die Überreste ihrer toten Nachbarn aßen, sagte die Polizei.
Die Küken wurden in Pappkartons transportiert, die brachen, nachdem sie im Regen nass geworden waren, was laut Polizei ihre weitere Lieferung "unmöglich" machte.
"Der Verfall der toten Tiere verursachte einen starken Geruch, der die Lebensbedingungen der Überlebenden noch verschlechterte", heißt es in der Pressemitteilung.
Die Polizei, die am Wochenende über die Küken informiert wurde, hat nicht gesagt, wohin die Tiere verschifft wurden.
Die Beamten kontaktierten zwei Tierschutzorganisationen – Salvando Peludos und Asociación para la Liberación y el Bienestar Animal (ALBA) -, die am Sonntag Mitarbeiter entsandten, um die Überlebenden zu retten.
Fernando Sanchez, Präsident von Salvando Peludos, sagte CNN, dass die Situation, die sie am Flughafen entdeckten, "überwältigend" sei, und fragte sich, warum jemand den Alarm nicht früher ausgelöst hatte.
"Ich hoffe, ich sehe so etwas nie wieder", sagte er.
Carolina Corral, Präsidentin von ALBA, sagte CNN, es sei eine "schreckliche" Szene und es sei emotional schwierig, die Kisten mit Küken zu durchsuchen, um die Überlebenden zu finden. Es war auch eine logistische Herausforderung für die Organisation, die sich normalerweise mit Katzen und Hunden befasst, sagte sie.
"Wir wussten nicht, was wir tun sollten, um ihnen die besten Überlebenschancen zu geben, weil wir noch nie mit einer solchen Situation konfrontiert waren", fügte Corral hinzu.
Beide Organisationen baten in den sozialen Medien um Hilfe bei der Rettung der Küken. Rund 3.200 Überlebende wurden in Gruppen in neue Häuser verteilt, sagte Sanchez, andere sterben jedoch weiterhin aufgrund der Tortur, die sie in einem so jungen Alter erlitten haben.
Die Polizei sagte, dass die Firma, die den Flughafen betreibt, die Firma, die die Küken versendet, kontaktiert habe, sich jedoch geweigert habe, die Verantwortung für sie zu übernehmen, und sie im Frachtterminal zurückgelassen habe.
Die Ermittlungen gehen weiter und die Polizei sagte, dass die Verantwortlichen wegen Tierquälerei angeklagt werden könnten.
"Wir müssen versuchen, sicherzustellen, dass dies nicht gleich bleibt und dass solche Dinge nicht noch einmal passieren", sagte Corral.
CNN hat den Flughafen Madrid Barajas um einen Kommentar gebeten.