Der 39-Jährige erzielte zu beiden Seiten der Halbzeit einen Kopfball und einen Volleyschuss aus kurzer Distanz, um seine beeindruckende Bilanz in sechs Ligaspielen dieser Saison auf 10 Tore zu steigern.
Die Nacht des AC Mailand endete jedoch sauer, als Ibrahimovic nach einer Beinverletzung das Spielfeld vorzeitig verließ.
"Ich habe nicht viele Informationen, er hatte Eis am Oberschenkel und wir werden in den nächsten Tagen sehen, was die Tests aussagen", sagte der stellvertretende Trainer des AC Mailand, Daniele Bonera, nach dem Spiel gegenüber Sky Sports.
"Er ist nicht jemand, der normalerweise vom Platz kommt."
Der schwedische Stürmer war in dieser Saison für seine Mannschaft von großer Bedeutung und spielte eine zentrale Rolle in seinem derzeit ungeschlagenen Ligalauf, der bis in den März zurückreicht.
Anfang dieser Saison Ibrahimovic verglich sich mit Benjamin Button wie er weiterhin seinem Alter trotzt.
"Ich bin wie Benjamin Button, ich war immer jung, nie alt", sagte er gegenüber Milan TV.
Dries Mertens hatte zunächst einen für Napoli zurückgezogen, aber Jens Petter Hauge legte das Spiel in der Nachspielzeit ins Bett, um Milans ersten Sieg in diesem Spiel nach elf Versuchen zu sichern.
Ibrahimovic erzielte das letzte Mal, dass Milan Napoli 2010 während seiner ersten Spielzeit im Verein besiegte.
Der Rossoneri bleibt zwei Punkte vor Sassuolo an der Tabellenspitze, aber Bonera, der Stefano Pioli ersetzt hatte, nachdem der Cheftrainer positiv auf Covid-19 getestet hatte, weigerte sich, seine Mannschaftskandidaten anzurufen.
"Wir wollen hoch oben am Tisch bleiben, aber nach acht Runden ist es zu früh, um mitgerissen zu werden", fügte er hinzu.
"Es gibt Teams, die mehr investiert haben als wir und die gebaut wurden, um die Liga zu gewinnen. Wir wurden nicht gebaut, um sofort zu gewinnen, aber wir wachsen Spiel für Spiel."
Der europäische Fußball war in dieser Saison bestenfalls unvorhersehbar, da er von der Sperrung zurückkehrt und es weiterhin einen überraschenden Spitzenreiter an der Spitze der La Liga gibt.
Real Sociedad feierte am Sonntag seinen sechsten Ligasieg in Folge, nachdem er sich an einer belastbaren Mannschaft aus Cadiz vorbei gekämpft hatte, die noch immer nach ihrem ersten Heimsieg in der La Liga in dieser Saison suchte.
Ein Tor von Alexander Isak war alles, was nötig war, um alle drei Punkte zu holen, da Sociedad auf dem Gipfel des spanischen Fußballs blieb, drei Punkte vor Atletico Madrid, der zwei Spiele mehr gespielt hatte.
Barcelona, das am Samstag gegen Atletico mit 0: 1 verloren hat, liegt auf dem 12. Platz, während Real Madrid nach dem 1: 1-Unentschieden gegen Villarreal auf dem vierten Platz liegt.