Greg Clarke, Vorsitzender des Fußballverbandes, sagte, es sei schwer zu sehen, dass die Fans "bald" zu den Spielen zurückkehren.
Wenn die Premier League und die Football League wieder aufgenommen werden, werden diese Spiele hinter verschlossenen Türen ausgetragen.
Die Premier League bereitet sich auch auf die Möglichkeit vor, die Saison 2020-21 ohne Fans zu spielen.
"Die Realität ist, dass wir einfach nicht wissen, wie sich die Dinge entwickeln werden", schrieb Clarke in einem Brief an den Regierungsrat der FA.
"Aber mit sozialer Distanzierung für einige Zeit stehen wir vor erheblichen Veränderungen im gesamten Fußball-Ökosystem.
"Zum Beispiel ist es schwer vorhersehbar, dass viele Fans – die das Lebenselixier des Spiels sind – bald zu den Spielen zurückkehren werden."
Clarke sagte, das Führungsteam der FA habe "verschiedene Szenarien entwickelt, denen wir möglicherweise als Folge der Pandemie gegenüberstehen könnten".
Er warnte auch davor, dass eine Budgetkürzung von 75 Millionen Pfund in diesem Jahr "sinnvoll" sein werde.
"Im schlimmsten Fall wäre dies für die nächsten vier Jahre erforderlich, um ein Defizit von 300 Mio. GBP auszugleichen", fügte er hinzu.
"Das wird sich natürlich auf viele unserer Pläne auswirken, da jeder Bereich des Spiels berührt wird und Projekte, die wir alle schätzen, betroffen sein werden."
"Clubs rebellieren gegen neutrale Stadien"
Hochkarätigen Clubs wurde mitgeteilt, dass die Nutzung von bis zu 10 neutralen Stadien der einzige Weg ist, um die Saison abzuschließen.
Brighton sagt, dass sie "nicht dafür sind", neutrale Austragungsorte zu nutzen, da dies die "Integrität" der Liga beeinträchtigen könnte.
Vereine am Ende des Tisches halten es für unfair, unter so unterschiedlichen Bedingungen zu spielen, wenn die Gefahr eines Abstiegs besteht.
Eine wachsende Zahl von Vereinen der Premier League ist offen dafür, die verbleibenden Spiele an neutralen Orten zu spielen, ohne dass die Gefahr eines Abstiegs besteht.
Die BBC hat erfahren, dass die Angst der Premier League zwischen sechs oder sieben Vereinen gegen neutrale Stadien ist.
Es besteht aber auch das Gefühl, dass es innerhalb dieser Gruppe Meinungsverschiedenheiten darüber gibt, wie die Saison enden soll.
Premierminister Boris Johnson wird am Sonntag seine "Roadmap" aus dem Lockdown herausgeben, was bedeutet, dass das nächste Treffen der Premier League bis nächste Woche verschoben wird.
Die Premier League ist seit dem 13. März wegen der Coronavirus-Pandemie gesperrt, aber alle Vereine verpflichten sich, die 92 verbleibenden Spiele der Saison 2019-20 zu spielen, wenn und wann dies sicher ist.