Die Behörden sagten, sie schlossen eine weitere Abstimmung nicht aus.
Die Tausenden von Protesten brachen aus, nachdem zwei Parteien des Establishments, von denen eine Präsident Sooronbai Jeenbekov nahe steht, nach vorläufigen Ergebnissen die Abstimmung am Sonntag gefegt hatten.
Die Demonstranten forderten die Annullierung der Abstimmungsergebnisse und die Zentrale Wahlkommission sagte am Dienstag, sie werde ihre Anfrage prüfen, berichtete die lokale Nachrichten-Website 24.kg.
Die russische Nachrichtenagentur RIA zitierte Jeenbekovs Sprecherin mit den Worten, er schließe es auch nicht aus, die Ergebnisse der umstrittenen Wahlen für nichtig zu erklären.
Die Polizei hatte den Protest am späten Montag aufgelöst, aber die Demonstranten kehrten Stunden später auf den zentralen Platz der Hauptstadt Bischkek zurück und brachen in das Gebäude ein, in dem sowohl der Präsident als auch das Parlament untergebracht sind.
Das vor Ort als Weißes Haus bekannte Gebäude geriet am Dienstagmorgen kurz in Brand und wurde schnell gelöscht.
Die Demonstranten brachen dann in das Hauptquartier des Staatlichen Komitees für nationale Sicherheit ein und befreiten den ehemaligen Präsidenten Almazbek Atambayev, der dieses Jahr wegen Korruptionsvorwürfen zu einer langen Haftstrafe verurteilt wurde, nachdem er sich mit Jeenbekov, seinem Nachfolger, gestritten hatte.
Jeenbekov sagte am späten Montag, er werde sich am Dienstag mit den Führern aller Parteien treffen, die an den Wahlen teilgenommen hatten.
In der Zwischenzeit ernannten Oppositionsgruppen ihren eigenen amtierenden Leiter der nationalen Sicherheit und den amtierenden Generalstaatsanwalt und ernannten einen Kommandanten von Bischkek, obwohl unklar war, wie viel tatsächliche Macht sie tatsächlich ausübten.
Eine Person wurde bei den nächtlichen Zusammenstößen getötet und Hunderte verletzt, teilte die Regierung mit.
Das zentralasiatische Land mit 6,5 Millionen Einwohnern, das eng mit Russland verbunden ist, weist eine Geschichte politischer Volatilität auf. In den letzten 15 Jahren wurden zwei seiner Präsidenten durch Revolten gestürzt