Der polnische Nationalspieler traf beim Abriss zweimal, sein zweites brachte ihn mit dem Rekord von 42 Toren, der seit 1972 gilt, gleich.
Der Stürmer hat nun ein Spiel, am Freitag zu Hause gegen Wolfsburg, um den Rekord zu brechen.
Lewandowski hatte im Spiel gegen Stuttgart nicht weniger als acht Torschüsse, als er Müllers Bilanz im Blick hatte und wurde für seine Bemühungen in der zweiten Halbzeit gleich zweimal belohnt.
Der erste kam nach einer geschickt improvisierten ersten Berührung und dann einem komponierten Chip über den heranstürmenden Torwart.
Das zweite war ein einfaches Tap-In nach guter Arbeit von Serge Gnabry beim Konter.
Für den 33-Jährigen hätte es noch besser laufen können, doch sein Schuss in der 83. Minute landete am Fuß des Pfostens.
Trotz seiner rekordverdächtigen Leistungen wurde Lewandowski von seinem Offensivpartner Gnabry in den Schatten gestellt, der einen Hattrick erzielte und während des gesamten Spiels eine ständige Bedrohung darstellte.
Die Bayern liegen derzeit neun Punkte vor dem Zweitplatzierten Borussia Dortmund, nachdem sie ein Spiel mehr absolviert haben.