Rooney, jetzt Spielertrainer bei Derby County im zweiten Flug, nutzte seine Kolumne in der Sunday Times, um für seine Kollegen zu sprechen, von denen er glaubt, dass sie in der Coronavirus-Krise in einer "No-Win-Situation" zurückbleiben.
Die EPL schlägt eine Kombination aus Lohnkürzungen und Stundungen in Höhe von 30 Prozent der Löhne vor, aber die Gespräche zwischen dem Profifußballerverband (PFA), den Spielervermittlern und der EPL sind am Samstag ohne Einigung gescheitert.
Nach der Telefonkonferenz gab die PFA eine Erklärung heraus, dass die geplante Gehaltsreduzierung das Land mehr als 200 Millionen Pfund (245 Millionen US-Dollar) an verlorenen Steuereinnahmen kosten könnte, wenn sie ein Jahr andauern würde.
"Dies würde sich nachteilig auf unseren NHS (National Health Service) und andere staatlich finanzierte Dienste auswirken", hieß es.
Letzte Woche hat der britische Gesundheitsminister Matt Hancock EPL-Spieler ausdrücklich herausgefordert, als er Gehaltskürzungen forderte, aber Rooney sagte, der politische Druck sei unfair.
"Wenn sich die Regierung an mich wenden würde, um Krankenschwestern finanziell zu unterstützen oder Beatmungsgeräte zu kaufen, wäre ich stolz darauf – solange ich wüsste, wohin das Geld fließt", schrieb er.
Er fügte hinzu: "Ich bin an einem Ort, an dem ich etwas aufgeben könnte. Nicht jeder Fußballer ist in der gleichen Position. Doch plötzlich wurde der gesamte Beruf mit der Forderung nach 30-prozentigen Lohnkürzungen auf der ganzen Linie auf den Punkt gebracht. Warum Sind Fußballer plötzlich die Sündenböcke?
"Wie sich die letzten Tage entwickelt haben, ist eine Schande."
Rooneys Ansichten spiegelten die des ehemaligen englischen Nationalspielers und BBC-Senders Gary Lineker wider, der CNN sagte, dass Spieler "unter einen PR-Bus geworfen" würden.
"Wir neigen dazu, Fußballer ziemlich leicht zu versuchen", sagte er
"Sie sind ein einfaches Spiel. Ja, sie bekommen viel Geld, aber ich bin sicher, sie wollen helfen.
"Sie sind durchweg sehr gut in den Gemeinden und ich bin mir sicher, dass Fußballer in den kommenden Tagen aufstehen und gezählt werden, entweder durch Lohnkürzungen oder durch Spenden an Wohltätigkeitsorganisationen oder Mitarbeiter, die nicht spielen."
Rooney befürchtet, dass die aktuellen Gespräche keine zufriedenstellende Lösung finden werden.
"Meiner Meinung nach ist es jetzt eine No-Win-Situation", sagte er. "Wie auch immer Sie es sehen, wir sind einfache Ziele", fügte er hinzu.
Es ist nicht das erste Mal, dass Rooney die Fußballbehörden während der Coronavirus-Krise kritisiert und in seiner Kolumne behauptet, Spieler seien als "Meerschweinchen" eingesetzt worden, bevor das EPL-Programm vor zwei Wochen eingestellt wurde.
In der Zwischenzeit hat Oliver Dowden, Staatssekretär für Digital, Kultur, Medien und Sport, soziale Medien genutzt, um seine Besorgnis über die Situation auszudrücken.
Er twitterte: "Besorgt über die Wende, die die Fußballgespräche heute Abend genommen haben. Die Menschen wollen in Krisenzeiten keine Kämpfe in unserem Nationalsport sehen.
"Der Fußball muss seinen Teil dazu beitragen, dass der Sport den Druck versteht, dem seine schlecht bezahlten Mitarbeiter, Gemeinden und Fans ausgesetzt sind."