Der Chief Medical Officer von Wales sagte, er hätte es vorgezogen, wenn die Schulen im August wiedereröffnet würden, aber "ich verstehe, dass dies für die Gewerkschaften nicht attraktiv war".
Dr. Frank Atherton bezeichnete die Wiedereröffnung von Schulen am 29. Juni "für kurze Zeit" als "zweitbeste Option".
Er sagte, er hätte es vorgezogen, Ende August Schulen zu eröffnen, "um uns ein bisschen mehr Zeit zu geben".
Die Lehrgewerkschaften kritisierten die Eröffnungspläne für Juni, als sie am Mittwoch angekündigt wurden, und sagten, es sei zu früh.
- Wie werden die Schulen in Wales wiedereröffnet?
Bildungsminister Kirsty Williams enthüllte die Pläne und sagte, das Sommersemester sei um eine Woche bis zum 27. Juli verlängert worden, und die Herbstferien würden auf zwei Wochen verlängert.
Bei der täglichen Pressekonferenz der walisischen Regierung über Coronaviren am Donnerstag sagte Dr. Atherton: "Als ich dies mit dem Bildungsminister besprach, wäre meine bevorzugte Option gewesen, die Schulen möglicherweise gegen Ende des Sommers im August wieder zu eröffnen, um zu geben uns ein bisschen mehr Zeit, aber ich verstehe, dass das für die Gewerkschaften nicht attraktiv war.
"Wir haben also eine zweitbeste Option: Wir werden die Schulen gegen Ende Juni für kurze Zeit mit sehr unterschiedlichen Vorkehrungen wieder eröffnen, damit dies sicher durchgeführt werden kann."
"Ich denke, wir können das sicher tun und wir müssen es überwachen und verfolgen."
Am Mittwoch sagte David Evans von NEU Wales, die Juni-Pläne seien "zu viel, zu früh".
Eine andere Gewerkschaft, die NASUWT, sagte, die walisische Regierung habe "nicht genügend Gründe, um Leben zu riskieren".
Aber NAHT Cymru sagte, seine Mitglieder hätten den Plan der walisischen Regierung bevorzugt.