Nick Furys Schulden gegenüber Vielfraß endete damit, das Ultimate zu retten X-Men in einer ihrer dunkelsten Stunden. Obwohl die Zeitleiste und ihre Details im Laufe der Zeit angepasst wurden, kreuzten sich Nicholas Fury und Logan mehrmals, wo der sinnlose Mörder Furys Leben in der Wüste rettete. Jahre später, als Fury die Ränge von SHIELD aufstieg, erfüllte er seine Schuld, als er Logans Ruf nachfolgte, um ihn und die anderen X-Men aus den Fängen des Weapon X-Programms zu retten.
Das Ultimate-Universum hat seine Charaktere neu erfunden, ohne sich um Kontinuität oder Verbindungen zu Mainstream-Storylines zu sorgen, so dass Schöpfer neue und aufregende Storylines oder Richtungen erstellen können. In dem Ultimative X-Men, zeigte Nick Furys militärische Vergangenheit, dass er während des Golfkriegs dem Weapon X-Programm zugeteilt wurde. Als eine Mission, Wolverine zu eskortieren, von unerwarteten Guerillakräften unterbrochen wurde, wurde Furys Bataillon getötet, wobei Fury schwer verwundet wurde. Obwohl das Scharmützel ihn befreite, tötete Wolverine die Angreifer und trug Fury in überraschender Humanität durch die Wüste zu einem befreundeten Basislager. Obwohl Logan für seinen Mut belohnt wurde, indem er geschlagen und wieder in Gewahrsam genommen wurde, vergaß der jetzt einäugige Fury das nie und schuf so eine Verbindung, die weitergehen würde, als Fury Direktor von SHIELD wurde und Wolverine sich Charles Xaviers X-Men angeschlossen hatte.
In der Storyline „Return to Weapon X“ von Millar, Kubert und Tom Raney wurden Xavier und die X-Men von Weapon X gefangen genommen, einem von SHIELD initiierten Programm, das Mutanten dazu zwang, verdeckte Missionen abzuschließen. Während sie Wolverine nicht fangen konnten, genossen Colonel John Wraith und Dr. Abraham Cornelius es, die X-Men zu zwingen, sich anderen bemerkenswerten Mutanten wie Rogue, Nightcrawler und Juggernaut anzuschließen, während sie regelmäßig gefoltert und getestet wurden. Während die neueste Waffe X nützlich war, um Fury von der Gefangennahme in einem fremden Land zu befreien, gingen sie zu weit, als Wraith einen Versuch unternahm, General Thaddeus Ross zu töten, als er drohte, ihre Finanzierung zu kürzen und das Programm vollständig auslaufen zu lassen. Es gelang ihnen schließlich, Wolverine zu fangen, nur um zu erfahren, dass er ihr Schicksal besiegelt hatte, indem er die Feinde von Waffe X zu ihrem Standort führte.
Laut offizieller Timeline kennen sich Nick Fury und Logan schon länger. Im Ultimative Ursprünge, sie waren zusammen beim Militär, wo die Verhaftung wegen Plünderung dazu führte, dass Logan half, das Mutantenrennen anzukurbeln, während Fury vor Captain America sein weltweit erster Supersoldat wurde. Trotz der Schrecken, die Waffe X in James Howletts Geist angerichtet hat, als sie verwandelten ihn in den wilden Wolverine, seine Menschlichkeit blieb. Als er Fury in der Wüste rettete, lag es entweder daran, dass er ihre frühere Freundschaft unbewusst ehrte oder ein Zeichen dafür war, dass er doch kein Tier war. Als Weapon X versuchte, ihn zurückzuerobern, gefährdete Wolverines Abwesenheit die X-Men, deren Training den Ressourcen und der Grausamkeit des schließlich abtrünnigen Regierungsteams nicht gewachsen war. Logan bekam das letzte Lachen, als er seine ehemaligen Entführer mit einem Ortungsgerät austrickste, das die neueste Bruderschaft vor ihre Haustür brachte.
Am Ende hasste Colonel John Wraith Mutanten so sehr, dass er seiner eigenen Regierung den Krieg erklärte, als sie ihm die Fähigkeit verweigerten, gegen die wahrgenommene Bedrohung durch den Homo Superior zu kämpfen. Unfähig, sich friedlich zu ergeben, wurde Wraith von Nick Fury getötet, der mit einem Bataillon von SHIELD-Soldaten auftauchte. Als die X-Men und die Bruderschaft Furys Motiv und Absicht in Frage stellen, scheint Wolverine zu enthüllen, dass er nicht nur Fury einen Tipp gegeben hat, sondern dass er der Grund war, warum Logan Weapon X überhaupt entkommen ist. Nach dem Helfen X-Men überleben, Nick Fury würde tippen Vielfraß für den gelegentlichen Einsatz kann es unter außergewöhnlichen Umständen nützlich sein, einen Mann seiner Fähigkeiten zu erkennen.