Jemaah Islamiahs erklärtes Ziel ist es, ein islamisches Kalifat in Südostasien zu bauen.
Zulkarnaen, einer der Kommandeure des Angriffs auf Bali, wurde am Donnerstag von der Anti-Terror-Polizei festgenommen, sagte Sprecher Ahmad Ramadhan in einer Erklärung am Samstag.
Er sagte, die Beamten stießen auf keinen Widerstand.
Reuters war nicht in der Lage, Zulkarnaen zu erreichen oder herauszufinden, ob er eine gesetzliche Vertretung hatte. Laut einem Bericht des UN-Sicherheitsrates trägt er auch den Namen Aris Sumarsono.
Der frühere Führer von Jemaah Islamiah, Para Wijayanto, wurde 2019 festgenommen.
Stanislaus Riyanta, ein Sicherheitsanalytiker, sagte, Zulkarnaens Verhaftung könne entweder die Operationen von Jemaah Islamiah schwächen oder "sie zum Handeln anregen, um ihre Existenz zu beweisen oder Rache zu üben".