In einer Fernsehansprache am Dienstagmorgen sagte Thabane, die Zeit für ihn, sich "aus dem großen Theater der Aktion zurückzuziehen, sich von öffentlichen Ämtern zu verabschieden", sei gekommen.
Der offizielle Rücktritt erfolgt, nachdem der 80-jährige Thabane wiederholt angekündigt hat, in den Ruhestand zu treten.
Sowohl der Premierminister als auch seine Frau haben nicht öffentlich über die Vorwürfe gesprochen, aber seit Monaten wird das winzige Bergreich vom Skandal heimgesucht.
"Als ich im Januar dieses Jahres freiwillig ankündigte, mich am oder vor dem 31. Juli aus dem Amt zurückzuziehen, tat ich dies mit aller Aufrichtigkeit, weil ich fest davon überzeugt war, dass es für alles eine Jahreszeit gibt, eine Zeit, geboren zu werden und eine Zeit zu sterben, eine Zeit zu pflanzen und eine Zeit, das zu pflücken, was gepflanzt wird ", sagte er und zitierte die Schrift.
Er wird durch seinen Finanzminister Moeketsi Majoro ersetzt, der am Mittwoch eingeweiht wird.