Brighton eröffnete das Tor, ein kühler Elfmeter von Neal Maupay brachte die Gastgeber in Führung, bevor Lewis Dunk den Ball kurz vor der Pause in sein eigenes Netz steckte, um die Punktzahl auszugleichen.
Marcus Rashfords Das Solotor brachte United an die Spitze, und Brighton glaubte, dank Solly March's Kopfball vor Fernandes 'Elfmeter, 10 Minuten nach der 90-Minuten-Marke, ein dramatisches Unentschieden erzielt zu haben.
Während es schließlich den Sieg sicherte, lebte Manchester United am Rande, wobei Brighton während des Spiels fünf Mal auf das Holz traf und eine Strafe vom Video Assistant Referee (VAR) außer Kraft setzte und eine weitere potenzielle vom Schiedsrichter abwinkte.
"Wir haben so viel Platz für sie gelassen, wir waren nicht so aggressiv, wir haben zwei Tore vergeben", sagte Fernandes erzählte BT Sport nach dem Spiel. "Wir müssen es viel besser machen.
"Brighton hat sich sehr gut geschlagen, aber vielleicht, weil wir nicht aggressiv sind, wie wir wollen. Wir müssen mehr Bälle zurückholen, besser drücken, weniger Ballbesitz verlieren. Vielleicht haben sie mehr verdient. Der Punkt ist, dass Tore nicht auf die Latte treffen. Manchmal muss man haben." etwas Glück. "
Nach dem Sein überrascht Manchester United hatte letzte Woche von Crystal Palace gehofft, im Süden Englands einen positiveren Start gegen Brighton zu erzielen.
Aber es war die Heimmannschaft, die den helleren Anblick machte, als Leandro Trossard den Ball gegen David de Geas linken Pfosten schlug – der belgische Mittelfeldspieler traf noch zweimal auf das Holz.
In den ersten beiden Spielen der Saison hat die Holzarbeit gestoppt so viele Schüsse für die Gegner von Manchester United in dieser Saison wie Torhüter de Gea.
"Unglaublich, das Gefühl, das ich nicht beschreiben kann, wir waren heute die bessere Mannschaft", sagte Trossard sagte. "Wir haben zumindest einen Punkt verdient, es ist eine Schande. Manchmal ist es einfach nicht dein Tag."
Und Brighton ließ schließlich den Druck zählen – erst danach Mason Greenwood hatte ein Tor für Abseits ausgeschlossen – als Maupay den Elfmeter, der für Fernandes 'Foul an dem aufregenden Tariq Lamptey vergeben wurde, nach dem verzweifelten de Gea abbrach.
United brauchte nur drei Minuten, um den Ausgleich zu erzielen. Dunk konnte nur eine Flanke von Nemanja Matic nach Hause ablenken. Nach der Pause brachte Rashfords mazy Run und Finish die Mannschaft von Manchester in Führung.
In der 95. Minute glaubte Brighton jedoch, dass er gleich beim Tod einen Punkt gewonnen hatte, als March eine Flanke von Alireza Jahanbakhsh köpfte. Aber ein noch späterer Elfmeter, der über VAR entdeckt und vergeben wurde, nachdem der Schiedsrichter Chris Kavanagh das Ende des Spiels signalisiert hatte, wurde von Fernandes in die obere Ecke geschlagen.
Fernandes 'Ziel bei 99:45 Minuten ist das neueste erzielte in der Premier League seit Juan Matas Treffer für Chelsea gegen Norwich im August 2011, erzielte in 100: 03 Minuten.
Das Ergebnis wäre für Brighton noch schmerzhafter, da VAR in der zweiten Halbzeit eine eigene Strafe verhängt hatte, nachdem Aaron Connolly von Paul Pogba gefoult worden war, nur damit Schiedsrichter Chris Kavanagh seine Meinung ändern konnte.
"Wir sind mit einem davongekommen. Vielleicht haben wir einen Punkt verdient, wir haben nicht mehr verdient. Aber der Charakter hat mehr verdient" Man Utd-Chef Ole Gunnar Solskjaer erzählte BT Sport.
"Letzte Saison hatten wir zu viele Unentschieden, das ist ein großes Plus für uns. Man muss froh sein, dass Jose nicht hier ist, um die Torpfosten zu messen.
"Es ist schwierig, gegen sie zu spielen. Wir haben nicht die Beine und die Schärfe, aber wir werden es schaffen. Wir haben noch viel Arbeit vor uns."